پس از امضای این قرارداد، با پیگیری شورای عالی امنیت ملی و سازمان بازرسی کل کشور، اجرای آن متوقف شد. دلیل توقف اجرای این قرارداد، فساد گسترده با پرداخت رشوه ها و وجود دلالان مختلف، ارزان فروشی گاز، مناسب نبودن نقطه تحویل گاز با توجه به مسائل امنیتی و اشکالات ساختاری قرارداد بود.
سرانجام با پیگیری های شورای عالی امنیت ملی، در سال 2003 (1383 شمسی) مشخص شد که شرکت کرسنت صلاحیت لازم برای انعقاد این قرارداد را نداشته و طرف ایرانی با توجه به تمامی مسائل، به راحتی می تواند قرارداد را ملغی کند. در همین زمان بود که با فشار دلالان و حضور واسطههایی، هیات مدیره شرکت ملی نفت با اضافه شدن الحاقیه ای، حق لغو را از ایران گرفت.
این الحاقیه که مثل انعقاد اصل قرارداد با حضور دلالان و پرداخت رشوه تهیه شده بود، همچنین وجود مسائل امنیتی در این قرارداد موجب شد تا مراجع نظارتی در ایران همچون سازمان بازرسی کل کشور، به طور کل اجرای این قرارداد را ملغی اعلام کند.
از جمله مسائل امنیتی این بود که اماراتی ها طبق قراردادی که در زمان پهلوی به امضا رسیده بود، حدود 40 سال در آبهای تحت مالکیت ایران حضور داشتند و عملا با تعیین همان نقطه برای تحویل گاز در قرارداد کرسنت، حضور اماراتی ها در آبهای ایران در نزدیکی جزایر سه گانه، برای مدت 25 سال دیگر ادامه پیدا می کرد.
به گفته «علیرضا زاکانی» نماینده سابق مجلس شورای اسلامی "حضور دلالان در این پرونده در 4 لایه شناسایی شد. بخش اول دلالی مربوط به کسی یا کسانی است که بهازای هر 48 سنت بهای فروش گاز، 8 سنت آن را دریافت میکردند و قرار بود با اجرایی شدن این قرارداد، سهم آنها بهطور کامل کنار گذاشته و پرداخت شود. فرد یا گروه دوم دلالی این قرارداد، یک یا 1.5 درصد از اصل فروش را باید دریافت میکرد و گروه سوم، عباس یزدانپناه یزدی و مهدی هاشمی بودند که دلالی را از سال 79 تا 81 بهعهده گرفتند و گروه چهارم نیز علی ترقیجاه بود که دلالی را از سال 83 شروع کرد."
در سال 2009، شرکت کرسنت از ایران در دادگاه لاهه شکایت کرد و تقاضای خسارت بابت اجرایی نشدن این قرارداد را مطرح کرد. ایران با ارائه مستندات گسترده رشوه در این پرونده، موفق شد تا سال 2011 فساد در انعقاد این قرارداد را در دادگاه لاهه اثبات کند. در این خصوص، علیه مدیران و مسئولانی که در امضای قرارداد کرسنت نقش داشتند از جمله وزیر نفت، پرونده هایی در مراجع قضایی باز شد. در سال 2012 با روی کار آمدن دولت یازدهم، همان مسئولانی که در امضای قرارداد کرسنت نقش داشتند و پرونده های آنها در مراجع قضایی باز بود، دوباره در وزارت نفت و شرکت های زیرمجموعه آن حکم گرفتند.
