یکی از موضوعاتی که همواره در زمینه آزادسازی خرید و فروش مسکن مهر مطرح می‌شود، مشکلاتی است که ممکن است در زمینه سند واحدها و وام‌های مسکن مهر به وجود بیاید، زیرا وام‌ها در بانک به نام اولین ثبت نام کنندگان مسکن مهر است؛ بنابراین خریداران دیگری که واحدها را خریداری می‌کنند، در بانک سفته‌ای ندارند.
براین اساس، بنگاه‌های املاک در شهرهای جدید در زمان خرید و فروش یک واحد، به دلیل نبود سند در اغلب این واحدها، به نام زدن وام و دریافت سفته از خریدار را انجام نمی‌دهند و از سوی دیگر فروشندگان هم اطلاع درستی در این زمینه ندارند، به همین جهت دیده می‌شود که یک واحد چندبار خرید و فروش شده است اما وام بانکی همچنان به نام اولین صاحب آن است.
در واقع خریدار واحدهای مسکن مهر باید در بانک به جای مالک اول، بابت وام سفته بگذارد اما گاهی بنگاه‌ها از خریدار تنها یک تعهد محضری بابت پرداخت وام ها می‌گیرند که این تعهد محضری در عمل نمی‌تواند خریدار را مجبور به پرداخت اقساط کند ضمن آنکه روند طولانی برای پیگیری قضایی دارد که فروشنده را با مشکلات زیادی مواجه می‌کند.
از سوی دیکر بانک‌ها در ابتدا برای تسویه بدهی به سراغ مالک وام می روند که در اغلب اوقات هم تا زمان پیگیری این موضوع، مالک وام، باید بدهی را بپردازد و از راه قضایی پیگیر بازپس گیری این بدهی باشد که پروسه طولانی را می طلبد.
بنابراین مالکان مسکن مهر که تنها به دنبال فروش واحدهای خود هستند و اطلاعی هم از نحوه اینکار از سوی بنگاه‌ها ندارند ممکن است در آینده همچنان درگیر واحد مسکن مهر خود باشند. در واقع اعلام آزادسازی مسکن مهر بدون ایجادسازو کارهای قانونی یکی از عواملی است که می تواند در چند سال آینده بحران زیادی را برای مردم بوجود آورد.
به همین جهت دولت به دنبال اعلام شیوه‌نامه جدیدی در خرید و فروش مسکن مهر است تابراین اساس سازوکار مشخصی در خرید و فروش واحدهای نیمه کاره و به پایان رسیده وجود داشته باشد اما تعداد زیادی از این واحدها تاکنون به فروش رفته است که حتی خریداران، مالک اصلی را هم نمی‌شناسند و تنها یک واسطه اینکار را انجام داده است.
