او پیش از این بدون هیچ سابقه سیاسی قابل ذکری به عنوان عضو شورای مرکزی حزب اتحاد ملت انتخاب شده بود و انتقاداتی را برانگیخته بود. علی اصغر شفیعیان فعال رسانه‌ای اصلاح‌طلب در توئیتر خود نوشت: «دو سال پیش کسانی به عضویت پسر آقای خاتمی در شورای مرکزی اتحاد ایراد گرفتند، چون سیاسی نبود. حالا معاون سیاسی هم شد. آیا این ژن خوب نیست؟» و دیگری جوابش را اینگونه داد که «آقای روزنامه‌نگار این ژن محبوب است نه ژن خوب.
اگر برخی موقعیت عمادالدین خاتمی را داشتند رشد را از معاون رئیس‌جمهوری آغاز می‌کردند نه فعالیت اصولی حزبی. » این جواب هم البته خود به عرف شدن ژن خوب در میان اصلاح‌طلبان صحه می‌گذارد.
جلایی‌پور هم البته از معاون سیاسی شدن پسر خاتمی دفاع کرد و نوشت که «عماد خاتمی با اتکا به چند سال فعالیت نیک اثر در شورای مرکزی حزب و شورای مشورتی اصلاح‌طلبان و نهادهای دانشجویی به معاونت سیاسی رسیده و نه ژنش»
تاکنون هیچ یادداشت یا مصاحبه یا اعلام موضع علنی سیاسی از عماد خاتمی دیده نشده است و او تنها با اسم پدرش شناخته می‌شود. از سویی او تنها فرد از بستگان خاتمی در حزب اتحاد ملت نیست؛ برادر خاتمی و خواهرزاده‌های او هم در این حزب مسئولیت دارند. روزنامه آفتاب یزد در پاسخ به انتقادات، تیتر ژن محبوب را زد تا نشان دهد با آقازادگی در همه جا هم مخالف نیست.
