یه گزارش عدالت خواهان گلستان"رفیقدوست همچنین به (امام) خمینی گفت که «گروه طرحی برای تولید سلاح هسته‌ای دارد». چنین هدفی برای ایران سال ۱۹۸۴، هدفی دور از دسترس بود زیرا وضعیت دانش هسته‌ای ایران به هم ریخته بود و در آن زمان ایرانی‌ها دانش غنی‌سازی اورانیوم و چگونگی استفاده از آن را نداشتند. ولی به هر حال (امام) خمینی راه را بر چنین برنامه‌ای بست. رفیقدوست به یاد می‌اورد که امام به وی گفته «ما نمی‌خواهیم سلاح هسته‌ای بسازیم».
در عوض، (امام) خمینی به وی دستور داد که این دانشمندان به سازمان انرژی اتمی فرستاده شوند. به گفته رفیقدوست، ان دستور امام راه را بر ایده پیگیری سلاح هسته‌ای بست.
موضوع سلاح‌های شیمیایی در اواخر ژوئن ۱۹۸۷ وارد مرحله جدیدی شد. هواپیماهای عراقی چهار منطقه مسکونی در شهر کردنشین سردشت را احتمالا با گاز خردل بمباران شیمیایی کردند. این اولین باری بود که مردم غیرنظامی هدف حمله شیمیایی قرار می‌گرفتند و مردم راهی برای حفاظت از خود نداشتند. از بین ۱۲ هزار سکنه، هشت هزار نفر آسیب دیدند و صدها تن جان باختند.
در حالی که ترس عمومی از حمله گسترده‌تر شیمیایی به دیگر شهرهای ایران در حال تشدید بود، رفیقدوست تلاش جدیدی برای داشتن امکان تلافی را آغاز کرد. وی همکاری با وزارت دفاع برای تولید گاز خردل را آغاز کرد.
رفیقدوست آشکارا امیدوار بود که وضعیت جدید و استفاده از سلاح شیمیایی علیه غیرنظامیان، می‌تواند باعث تغییر نظر (امام) خمینی شود. وی به من یادآور شد که (امام) خمینی از برنامه تولید دو عامل شیمیایی مطلع نبود. تا این که این کار انجام شد. وی به یاد می‌آورد که «در دیدار با امام، به ایشان گفتم که ما توان بالایی برای ساخت سلاح شیمیایی داریم» و سپس «نظر ایشان را در باره این توان تلافی کردن پرسیدم».
نماینده دائم ایران در سازمان منع سلاح‌های شیمیایی جزئیات برنامه رفیقدوست را در سندی در تاریخ ۱۷ می ۲۰۰۴ در این سازمان علنی کرد. ویکی‌لیکس بعدها اطلاعات این سند را منتشر کرد. این سند نشان می‌دهد که دو وزارتخانه پیش‌سازهای شیمیایی برای گاز خردل را تولید کرده و در شهریور سال ۱۳۶۶ تولید مواد شیمیایی لازم برای تولید سلاح شیمیایی ( دو ماده سولفور خردل و خردل نیتروژن) را آغاز کرده‌اند. ولی همین سند نشان می‌دهد که دو وزارتخانه، این مواد شیمیایی را به شکل تسلیحاتی در نیاورده‌اند؛ یعنی آن را به شکل گلوله توپ، بمب هواپیما و یا راکت در نیاورده‌اند.
ولی، خطر امکان حمله شیمایی عراق به غیرنظامیان، تغییری در تصمیم رهبر ایران ایجاد نکرد. رفیقدوست به نقل از وی می‌گوید: «فرقی نمی‌کند در میدان جنگ باشد و یا در شهرها، ما مخالف این کار هستیم، تولید چنین سلاح‌هایی حرام است و شما فقط حق تولید وسایل دفاعی را دارید».
رفیقدوست به یاد می‌آورد که (امام) خمینی با لحنی جدی از وی پرسیده است که «اگر ما سلاح شیمیایی تولید کنیم، آن گاه چه تفاوتی بین من و صدام خواهد بود؟»
این پایان برنامه رفیقدوست برای امکان تلافی بود. سندی که در سال ۲۰۰۴ منتشر شد، نشان می‌دهد که تولید مواد متوقف شده، ساختمان نگهداری مواد در سال ۱۹۸۸ مهر و موم شد و تجهیزات تولید نیز در سال ۱۹۹۲ برچیده شده است.
به گفته رفیقدوست، (امام) خمینی دستور ممنوعیت کار بر روی سلاح هسته‌ای را نیز تکرار کرد.. « در مورد سلاح هسته‌ای اصلا حرف نزن».
رفیقدوست می‌دانست که نظر (امام) خمینی یک فتوای دینی است و اگر چه به صورت نانوشته باشد ولی برای دولت لازم‌الاجرا است. رفیقدوست زمان دقیق این دیدار دوم را به یاد نمی‌آورد ولی احتمالا باید دسامبر ۱۹۸۷ باشد. نخست وزیر وقت ایران در سخنرانی در اواخر دسامبر ۱۹۸۷، اظهار داشت مه ایران قادر به ساخت سلاح شیمیایی است و افزود که بخش مخصوصی برای ایجاد قابلت شیمیایی تهاجمی اماده شده ولی وی از این که بگوید ایران در واقع سلاح شیمایی را در دسترس دارد خودداری کرد ولی به طور تلویحی مسائل شرعی را مورد توجه قرار داد. میرحسین موسوی از جمله گفت «ما این سلاح‌ها را تنها زمانی می‌سازیم که اسلام به ما اجازه دهد و مجبور به این کار شویم».
چند روز پس از این سخنرانی، روزنامه انگلیسی ایندپندنت به فتوای (امام) خمینی علیه سلاح‌های شیمیایی اشاره کرد. سید حسین موسویان مذاکره‌کننده هسته‌ای سابق ایران که اکنون در دانشگاه پرینستون مشغول کار است، برای من تائید کرد که فتوای رهبر انقلاب در واقع در همان دیدار با رفیقدوست به دولت منتقل شده است.
در فوریه سال ۱۹۸۸، صدام حملات موشکی به شهرهای ایران را گسترش داد و تهدید کرد موشکهایش را به سلاح شیمیایی مجهز خواهد کرد. این مساله باعث وحشت غیرنظامیان شد و بین یک سوم تا نیمی از جمعیت تهران در بهار آن سال از تهران خارج شدند.
به نظر می‌رسد همین تهدیدها در پذیرش پایان جنگ از سوی ایران نیز بی‌تاثیر نبوده است. (امام) خمینی در نامه‌ای به این مساله اشاره کرده است.
رویکرد فقهی بنیانگذار جمهوری اسلامی پس از سال ۱۹۸۹ نیز ادامه یافت. فتوای رهبر بعدی ایران علیه سلاح هسته‌ای نیز در سال ۲۰۰۴ علنی شد، اگر چه غربی‌ها تلاش کردند از اهمیت آن بکاهند.
پیچیدگی‌های داخلی ایران و نبود اطلاعات دقیق، تحلیل فتوای آیت‌الله خامنه‌ای را دشوار می‌سازد ولی نکته مهم این است که فتوای رهبر جدید ایران بدون هیچ سر و صدایی در میانه دهه ۱۹۹۰ میلادی و در پاسخ به درخواست نظر فقهی رهبر ایران در این باره از سوی مقامات دولتی صادر شده است. موسویان که از سال ۱۹۹۷ تا سال ۲۰۰۵ مسئول کمیته روابط خارجی شورای عالی امنیت ملی ایران بوده، دیدن این نامه را به یاد می‌اورد. نامه رهبر ایران هیچ گاه علنی نشده است شاید به این دلیل که دولت ایران نیز بنا به دلایل استراتژیک مخالف سلاح هسته‌ای بوده و همین دلیل، علنی کردن این فتوا را غیرضروری می‌ساخته است.