پایگاه عدالت خواهان ایران" در لحظات اولیه اعلام خبر ترور و شهادت دکتر فخری‌زاده، مقامات دولت سعی در کتمان هویت هسته‌ای او داشتند. تمامی مقامات دولتی در مواضع و پیام‌های خود او را یک دانشمند برجسته و مدیر خدوم معرفی کرده و برخی حتی از بکار بردن عبارت شید دفاعی نیز برای وی استنکاف کردند. این نوع از خبررسانی دولتی‌ها حتی باعث شد که روند اطلاع‌رسانی اخبار صداوسیما نیز دستخوش تغییراتی شده و چند ساعت ابتدایی نشر این خبر با سردرگمی همراه باشد. البته بعدا مدیر شبکه خبر اعلام کرد که این تعدد عباراتی که برای معرفی شهید استفاده می‌شده، بخاطر فشارهایی بوده که از یک نهاد بیرونی بر رسانه ملی وارد می‌شده است.
به گزارش پایگاه عدالت خواهان ایران" ؛ این داستان البته با ذکر عبارت «دانشمند هسته‌ای و دفاعی» در پیام رهبر انقلاب به پایان رسید و از آنجا که دیگر کتمان هسته‌ای بودن این شهید ممکن نبود، دولتی‌ها رو به مصادره برجامی این شهید آوردند. خبرگزاری دولتی «ایرنا» امروز تصاویری از مراسم اهدای نشان خدمت به خاطر اقدامات هسته ای شهید فخری‌زاده را با عنوان «نشان خدمت «برجام» بر سینه فخر ایران» منتشر کرد. اين در حالی است که نشان و تقدیر یادشده مربوط به فعاليت‌های شهيد در زمينه پدافند هسته‌اى بين سال‌هاى ٩٢-٩٤ يعنى دوران ماقبل برجام بوده است.
همچنین روز گذشته، واعظی، رییس دفتر رییس جمهور نیز طی یادداشتی در روزنامه ایران نوشته‌بود: «این شهید بزرگوار به دلیل نقش‌آفرینی در توسعه و بالندگی صنعت صلح‌آمیز هسته‌ای، نشان درجه دو خدمت از دست رئیس‌جمهور دریافت کرد.» البته او توضیح نمی‌دهد که چه ارتباطی بین توسعه فعالیت‌های هسته‌ای با حمایت از برجامی وجود دارد که تمام آن صنعت را به باد داد! این چرخش آشکار دولتی‌ها در حالی است که بنا بر گفته افراد مطلع، این دولت نه تنها حمایتی از این شهید و فعالیت‌های وی نداشته، بلکه حتی به دنبال ایجاد مزاحمت برای او و تضعیف مجموعه تحت مدیریت او نیز بوده‌اند. در همین راستا فریدون عباسی رئیس سازبق سازمان انرژی اتمی گفته است اساسا به نوعی من فخری زاده را جذب کردم و رساله دکترای وی با من بوده است و عمده تخصص وی هسته‌ای بوده و حتی صداوسیما را هم تحت فشار قرار دادند که او هسته‌ای نیست.عباسی بیان داشت: در شروع دولت یازدهم با فخری زاده خوب برخورد نکردند و مزاحمت برای او و مجموعه زیر دست او ایجاد کردند. چقدر تلاش شده مجموعه تحت مدیریت آقای فخری زاده را ضعیف کنند، البته نقطه تقویت خود را از جای دیگر آورد.
وی افزود: ایشان در دهه ۶۰ مسئول بود نقشه راه صنعت هسته ای را طراحی کند و اگر می‌بینیم در دهه ۷۰ این صنعت جان گرفت بخاطر آن بود که این صنعت از دست جناح کارگزاران رها شد.
عباسی در آخر بیان داشت: یک اخطار به عناصر دولت می‌دهم که اگر بخواهند فخری‌زاده را حامی برجام جلوه دهید که اینکار را هم کرده اند و حرف خود را پس نگیرید من وارد عمل می شوم و آن‌وقت من به مطبوعات چیزهایی را خواهم گفت. کسی بنده را مخل امنیت ملی معرفی نکند نکاتی را میدانم در مورد آقای فخری زاده و کارهایی که دست داشتند و می خواست انجام دهند و تهدید می کنم اگر بخواهند این طایفه و قبیله برجامی، این شهید بزرگوار را برای مطامع خود مصادره کنند من اقدام شدیدی خواهم کرد من حاوی اطلاعات هستم و می‌گویم اینها با فخری زاده می خواستند چه کنند.
از سوی دیگر، صوت منتشر نشده‌ای از شهید فخری‌زاده امروز از رسانه ملی پخش شده که می‌تواند به خوبی منعکس کننده مواضع وی در خصوص ارتباط و ذاکره با آمریکا باشد. رجانیوز بدون هیچگونه توضیحی این صوت را تقدیم مخاطبان می‌کند.
دانلود فیلم