الف) از نظر ساختار سياسي: همانگونه که مي دانيم, شيوه حکومت داري در زمانهاي گذشته نظير حکومت امام علي(ع), به دلايلي نظير تعداد کم جمعيت مجتمعهاي انساني (شهرها, روستاها و ...) و ساده بودن (در مقابل پيچيدگي) روابط اجتماعي, سياسي و اقتصادي جامعه و به تبع متنوع نبودن وظايف حکومت ها, متمرکز بوده است؛ پيامبر اکرم(ص) و امام علي(ع), متناسب با عصر و زمان خود, رياست و مسئوليت تمامي امور اجرايي, تقنيني, قضايي و ..., را بر عهده داشتند و شخصا به امور جامعه رسيدگي مي نمودند. و نصب و عزل استانداران, قضات و کارگزاران, مستقيما با نظر و حکم آن بزرگواران انجام مي پذيرفت.
اما در زمان کنوني شرايط و مقتضيات زمان و عوامل فوق به شدت دچار تغيير گرديده و وظايف حکومتها در ارتباط با اداره جامعه, متنوع و پيچيده شده است, اداره هر چه کارآمدتر و دقيق تر جامعه, و تقسيم تخصصي امور آن, تفکيک قوا را مي طلبد. نظام اسلامي ما نيز از اين قاعده مستثني نمي باشد؛ از اين رو در اصول متعدد قانون اساسي جمهوري اسلامي تفکيک قوا و تفويض وظايف و اختيارات حکومتي به بخشهاي سه گانه حکومت, سپرده است.
هر چند موضوع فوق در درجه اول به عنوان يک ضرورت زماني و کاملا منطقي و خردمندانه است, اما يکي از عوارض آن, عدم دخالت و اعمال نظر مستقيم ولي فقيه بر عزل و نصب هاي کارگزاران و مأموران حکومتي در بخشهاي مختلف از سوي ولي فقيه و حاکم اسلامي مي باشد.
مقام معظم رهبري در تبيين محدوده وظايف و اختيارات ولي فقيه نسبت به ساير قوا مي فرمايد:
«هر کسي به هر اندازه اي که حوزه اختياراتش هست , همان اندازه بايد پاسخگو باشد. البته مسئوليت انقلاب با مديريت اجرايي کشور فرق دارد: اين را توجه داشته باشيد, رهبري طبق قانون اساسي - درست هم همين است - مسئوليت اجرايي ندارد؛ جز در زمينه نيروهاي مسلح. البته مديريت انقلاب - که همان رهبري است - مسئوليت حفظ جهت گيري انقلاب و نظام را دارد؛ بايد مواظب باشد که انقلاب و نظام از آرمانها منحرف و منصرف نشود؛ فريب دشمن را نخورد, راه عوضي نرود, اينها مسئوليت هاي رهبري است...» (مقام معظم رهبري, ديدار با دانشگاهيان دانشگاه شهيد بهشتي, 1382/2/22)

بر اين اساس با توجه به تقسيم کار و مشخص شدن حوزه مسئوليتها در بسياري مسائل نظير همين عزل و نصب ها, در شرايط کنوني ولي فقيه نمي تواند دقيقا آن گونه که امام علي(ع), در اداره حکومت خود بوده و رفتار مي نمودند, رفتار نمايد و چنين انتظاري هم از او وجود ندارد. بلکه همانگونه که گذشت وظيفه نظام اسلامي و ولي فقيه تعيين الگوهها و معيارهاي اساسي در جهات مختلف و اهتمام به اجراي آنها از سوي مسئولين اجرايي است, نه دخالت مستقيم در امور مربوط به قواي سه گانه. و به علاوه در زمان کنوني بسياري از مسئولين اجرايي, تقنيني, شرايط و ... با انتخاب مستقيم مردم به قدرت مي رسند. و ولي فقيه هيچ گونه نقشي ندارد.
ب) از نظر عملکرد: بررسي واقعيات و حوادث دوران انقلاب اسلامي و پس از آن به خوبي بيانگر اين حقيقت است که نظام جمهوري اسلامي ايران همانگونه که در اصول و مباني اعتقادي و ارزشي خويش آموزه هاي دين مبين اسلام را محور قرار داده است در مقام عمل نيز به سيره بزرگان اسلام اقتدا نموده و مي نمايد, برخي از مهمترين نمونه عبارتند از:

1_ همانگونه که امام علي(ع) در بدو حکومت به شدت با کارگزاران مفسد عثمان برخورد نمودند, يکي از اقدامات اوليه انقلاب اسلامي برکناري, تعقيب, محاکمه و مجازات مسئولين و کارگزاران فاسد رژيم پهلوي بود؛ فشار بر رژيمهاي آمريکا و مصر بر بازگرداندن محمدرضا شاه به ايران جهت محاکمه, محاکمه و اعدام هويدا - يکي از نخست وزيران دوران پهلوي - محاکمه و اعدام نصيري رئيس ساواک, و ... نمونه هايي از اين موضوع مي باشند. نظام انقلابي ايران با شدت هر چه تمام تر ضمن اصلاح ساختارهاي اجرايي و مديريتي کشور در بخش هاي مختلف, به بازپس گيري اموال عمومي از سران رژيم گذشته, اهتمام ويژه اي مبذول داشت. تشکيل دادگاههاي انقلاب, کميته هاي انقلاب اسلامي و ... در اين راستا قابل تحليل و ارزيابي مي باشد.

2- بعد از گذار از دوران انقلاب نيز اصلاح ساختارهاي مختلف و مقابله جدي با فساد خصوصا در مسئولين و کارگزاران به شدت تعقيب شده و مي شود: مقابله با سياستهاي غير اسلامي دولت موقت, عزل و برکناري بني صدر از رياست جمهوري, محاکمه و برخورد جدي با مديران ارشد نظام قطب زاده - دريادار مدني و ... مقابله با برخي وزيران که در صدد ترويج فرهنگ غيراسلامي بودند و مجبور نمودن آنان به استعفا و ..., تأکيدات و پي گيريهاي جدي مقام معظم رهبري در برخورد با فساد به عنوان يکي از آفات اصلي که نظام اسلامي را تهديد مي نمايد, همگي گواهي بر اين مدعي است, مقام معظم رهبري در فرمان مبارزه با فساد که به قواي سه گانه داشتند, تأکيد مي نمايند که هيچ فرد يا نهادي نمي تواند به واسطه انتساب به ايشان, از شمول اين قانون مستثني باشد. و در جاي ديگر مي فرمايند: «اگر من کسي را منصوب کرده باشم و بعد در او عيبي از قبيل همين مفاسد اقتصادي ببينم, بدون ترديد با او مماشات نمي کنم و او را کنار مي گذارم.»

3- همانگونه که امام علي(ع) علي رغم تلاش بسيار زياد در اصلاح ساختار سياسي, اداري و نظامي خويش, به دليل وجود موانع متعدد, به صورت کامل در اين زمينه موفق نبودند و حتي در ميان کارگزاران ايشان افراد ناباب و منافق يافت مي شدند, متأسفانه در نظام اسلامي به دليل وجود موانع بيشماري, علي رغم تمامي تلاشها و اقدامات ارزنده, باز هم افراد و مديراني در بدنه نظام وجود دارند که قدرت و مسئوليت را امانت ندانسته و آن را به عنوان وسيله اي براي ارضاي اميال نفساني, منافع و طمع ورزيهاي خود و جناح وابسته به خود به حساب مي آورند.
وجود بقايايي از نظام اداري قبل از انقلاب و رسوبات فکري و فرهنگي آن, نهادينه نشدن فرهنگ و ارزشهاي اسلامي به صورت کامل در تمامي بخشهاي اجرايي کشور, و متأسفانه اختلافات سياسي و جناحي, بخشي از عوامل اين موضوع بوده که اميد مي رود با کار فرهنگي مستمر و نهادينه شدن ارزشهاي اسلامي, کارکرد دقيق و مطلوب دستگاههاي گزينشي و نظارتي کشور, و وحدت و همدلي همه مسئولين و جناحهاي سياسي, اصلاح کامل ساختارهاي مختلف کشور نايل آمد.

4- و نکته ديگر را از زبان مقام معظم رهبري در اين زمينه بشنويم: «اين که بگوييد با کساني که دچار فساد شده اند برخورد قاطع نمي شود, اين را قبول ندارم, نه برخورد مي شود اين که بگوييد با کساني که قاطع برخورد نمي کنند, چرا برخورد نميشود, جواب اين است که با آن کساني که قاطع برخورد نمي کنند, چگونه برخورد کنيم؛ برخورد همين است که تذکر و هشدار بدهيم و به آنها بگوييم, برخورد لازم در آن جا اين است؛ اما شفافيت لازم در اين مورد براي مردم صورت نمي گيرد. يک وقت انتظار هست که مرتب اعلاميه داده شود و بگويند فلان کسي را گرفتيم, پدر فلان کس را در آورديم, فلان کسي اين فساد را کرده, اين درست نيست, ... يک نفر جرمي مي کند آدم خيلي بدي هم هست بايست مجازات بشود, اما اگر اسم او را اعلام کرديد, اين پسر يا دخترش در دانشگاه, خانه, محله, مي دانيد با اين اعلان چند نفر مجازات مي شوند؟ چه لزومي دارد؟...»